L’AFB devra travailler à la défense et la gestion des espaces naturels (parcs naturels marins), de la faune, de la flore. Elle devra également mener des actions internationales de recherche et de communication. Elle devra aussi accompagner les collectivités et les entreprises lorsqu’elles conduisent des actions de préservation.
Parmi les enjeux auxquels elle sera confrontée : la mortalité des abeilles à cause des pesticides.

L’AFB permettra de concentrer les services de l’Etat et ainsi de gagner en simplicité. A partir de 2016, elle réunira l’Office national de l’eau et des milieux aquatiques (Onema), l’Atelier technique des espaces naturels, l’Agence des aires marines protégées et les Parcs nationaux de France.

Au grand dam de certaines associations, l’Office national de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS) et l’Office national des forêts (ONF) ne feront pas partie de l’AFB. Certains accusent le lobby des chasseurs d’avoir pesé dans la balance.

Promise par le président de la République à l’occasion de la conférence environnementale de 2012, l’AFB se positionnera parmi les plus grands opérateurs de l’Etat sur l’environnement, aux côtés de l’Agence de l’environnement et de la maîtrise de l’énergie (Ademe). Son fonctionnement devrait d’ailleurs être similaire.

La nouvelle agence disposera d’un budget de près de 285 millions d’euros dont 60 millions pour des projets liés à l’eau et la biodiversité dans le cadre des investissements d’avenir.

Le président de la République choisira le président du conseil d’administration en s’appuyant sur les propositions du conseil.

En France, 80 % de la biodiversité se trouve en Outre-mer. Ainsi, les députés ont voté un amendement UDI attribuant 5 sièges supplémentaires à des représentants des « 5 bassins écosystémiques ultramarins » au sein du conseil d’administration de l’AFB.

Les autres aspects de la loi sur la diversité qui doivent être débattus jusqu’au 19 mars à l’Assemblée apportera des précisions sur l’AFB. Une telle loi n’avait pas été étudiée à l’Assemblée depuis 1976. Elle vise à lutter contre l’appauvrissement de la biodiversité. En France, le nombre d’oiseau a été divisé par deux en 30 ans.

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